tom和diana在海滩揭开了4400人50年来的秘密，原来他们是被未来人带走后又送了回来。一年之后，世界已经完全不同了，尽管立了功， tom还是因为不听从命令而被罚在办公室工作了一年 。

　　tom的儿子kyle一直都在ntac的监控检查下，经历了多次的测试与实验，却没有任何新的发现。tom的老搭档diana恳求ntac太平洋西北分部的新上司nina jarvis恢复tom的职位。她还收养了maia rutledge，但是却没有注意到maia有预知未来的超能力。

第2集

　　棒球运动员gary navarro消失了30年，再次回来发现自己有了一种新能力，他可以用耳朵听到每个人内心的想法，这使他无法忍受。他去求助ntac，而上层领导却只关心他们如何可以利用gary navarro去了解jordan collier，而不帮助他重新回到正常的生活。此时的tom被4400的调查占据了大部分的时间，却也在努力做好一个单亲父亲。diana发现自己要应对新来的妹妹april，而 richard, lily, 和isabelle则继续着他们的生活，但richard却被女儿日渐明显的超能力所困扰着。　　

第3集

　　在消失了16年之后， trent appelbaum 回来发现自己的妻子已经过世了，并且给女儿留下了沉重的经济负担。但是trent的好运很快出现，他发现了自己有了一种新的能力，就是能够迅速的减轻自己的体重。现在，500家大公司挤破他家大门，要用重金买下他将减肥能力投向市场的权利。可是后来却发现，用他的方法减轻体重的人并没有成功。与此同时，richard, lily, 和isabelle 在4400中心终于找到了放松的机会，因为一个明星加入了collier。kyle试着让自己找回他丢失的少年生活，他参加了一个兄弟聚会，却发现太多的快乐也会带来危险。

第4集

　　离开30年后，重新回来的中学教师heather tobey发现了自己的超能力。她可以将一些学生在音乐或者是艺术方面的天赋发掘出来。尽管对于很多家长来说，这看起来是一件大好事，可是仍然有很多家长认为她的能力具有威胁性，很有可能对他们的孩子造成伤害。这些持反对态度的人还起诉 heather 虐待儿童，想以此来阻止她为孩子们上课。

　　同时，richard在毫无防备的情况下被警察拘捕，因为他被认为在4400中心善离职守。然而他没有想到，救他出来的人却是jordan collier；shawn和一群离家流浪的孩子混到了一起；kyle的困惑也越来越多。

第5集

　　在 maia 告诉diana 她有预感jordan collier 将会被杀害之后，ntac提高警惕，特工们加紧调查可能的暗杀者。tom的麻烦仍然来自与家里，儿子kyle不断的在寻找自己丢失那一段时间的原因。同时，lily与她的女儿 heidi团聚，但是当lily把heidi介绍给isabelle时发现，这个婴儿并不接受这个外来的姐姐进入他们的生活；

　　shawn把街头的小男孩liv带回了4400中心，想让他离开街头流浪的日子过好一点 ；ntac传唤diana交出maia关于自己预言的日记。

第6集

　　tom baldwin 醒来之后发现他的生活已经发生了巨大的变化：他有了一个新妻子，他的儿子kyle是一个医学专业的学生，而且更加让他烦恼的是，竟然从来没有人听说过4400。除了他还是一样和diana在国家安全局工作以外，所有的一切都和24小时前不一样了。

　　唯一让他感到安慰的，就是他的新配偶alana是4400中的一员。原来他现在生活的世界是未来人为他创建的一个圣地。

　　tom面对着一个选择，究竟是要留在这个完美的世界里还是要回到过去的生活，不确定的未来掌握在自己的手中。

第7集

　　整个城镇死去的人们把 tom 和diana 引向了可怕的4400人jean delynn baker，她可以在自己的手上种植毒素孢子。jean似乎并不认为她的这种能力对人类是一种诅咒，相反的，她觉得这是上天赐给她的礼物，可以让他“造化人类”。同时， matthew ross 作为shawn的顾问加入了4400中心，来负责处理大批量恳求shawn帮助他们疗伤的信件。lily正在4400中心努力的让heidi和姐姐isabelle和平相处。另外一边， kyle 仍然没有意识到自己已经卷入了jordan collier的暗杀事件中，他与wendy重新建立的联系；diana 将maia交给自己的妹妹april照顾，然而姐姐却利用maia预知能力赚钱。